El Hospital San Rafael se encuentra emplazado en Las Jubias, 82, colindante con el Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña. Desde la propia ciudad de A Coruña, la entrada se realiza por la Avda. del Ejército o por la Avda. de Oza. Desde las entradas a la ciudad por la autopista AP-9 o la N-VI, se accede atravesando el Puente del Pasaje y el Paseo de Las Jubias. El acceso desde el aeropuerto de Alvedro también es directo.
Desde fuera del concello de A Coruña: